La sala de instrucción de la Corte les abrió investigación por los delitos de cohecho impropio y acuerdos ilegales, como miembros de la Comisión de Crédito Público del Congreso. Según, el comunicado de la Corte los hoy investigados, se valieron de sus posiciones como congresistas asignados a la Comisión Interparlamentaria de Crédito Público, y posiblemente habrían aceptado emitir conceptos favorables de operaciones crediticias presentadas por el Ministerio de Hacienda a cambio de dádivas que se materializarían en contratos de la Unidad de Gestión del Riesgo.
Cabe recordar, que Juan Diego Muñoz renunció a su curul argumentando problemas de salud el año anterior, pero evitando así que la Corte Suprema de Justicia lo siguiera investigando por los sobrecostos en el contrato 0503 de la operación del Programa de Alimentación Escolar de $8.800 millones en el año 2016 cuando fue Secretario de Educación del Meta. Vale la pena destacar que su renuncia como congresista se dio nueve días después que rindiera indagatoria por los hechos mencionados.